Зміст
- TL; DR (Занадто довго; Не читав)
- Буфер і сіль
- Миючі засоби для розчинення
- Хелатуючі агенти та інгібітори
- Лужний лізис
Lyse - це слово, яке походить від грецької мови і означає просто «розколотись» або «розірвати». Очевидно, терміни стосуються того, що відбувається з клітинами в буфері лізису, розчином, який розбиває їх, щоб витягнути їх вміст. Вчені використовують лізисні буфери при вилученні ДНК або білків з клітин для аналізу, особливо у випадку бактерій. Тип буфера лізису клітин змінюється в залежності від виду експерименту, хоча нижче наведені деякі поширені варіанти.
TL; DR (Занадто довго; Не читав)
Буфери лізису допомагають розбити відкриті комірки, тому їх вміст можна отримати доступ або видалити. Деякі приклади включають солі, миючі засоби, хелатуючі речовини та інгібітори, а також деякі лужні хімічні речовини.
Буфер і сіль
Буфери стабілізують pH при розщепленні клітин. Трис-HCL є одним з найпоширеніших хімічних речовин для буферизації при рН 8. HEPES - ще одна поширена буферна хімічна речовина в цих експериментах. Сіль хлориду натрію може також підвищувати іонну силу, загальну концентрацію розчинних речовин поза клітинами. Цей останній момент має певне значення, оскільки вода може дифундувати по клітинних мембранах від регіонів з низькою концентрацією розчиненого речовини до регіонів з високою концентрацією розчинних речовин.
Миючі засоби для розчинення
Миючі засоби розчиняють клітинні мембрани, щоб вміст клітин міг вийти. Мають і амфіпатичну молекулярну структуру (тобто молекули з одним кінцем, які легко взаємодіють з молекулами води, тоді як інший гідрофобний або "бояться води" не має). Вони можуть розчиняти жири, утворюючи міцели, невеликі скупчення, де гідрофобні хвости молекул миючого засобу спрямовані всередину до молекул жиру. Поширені миючі засоби включають додецилсульфат натрію або SDS, NP-40 та тритонX.
Хелатуючі агенти та інгібітори
Буфери лізису зазвичай також включають хелатуючі агенти, такі як етилендіамінтетраоцтова кислота (EDTA) або етиленгліколь тетраоцтова кислота (EGTA). Ці хімічні речовини зв'язуються з іонами металу з двома позитивними зарядами (наприклад, магнієм та кальцієм), тим самим роблячи їх недоступними для інших реакцій. Багато ДНК (білки, що розщеплюють ДНК) та протеази (протеїни, які розщеплюють інші білки) потребують іонів магнію для функціонування, тому позбавляючи їх цього ключового інгредієнта, EDTA та EGTA допомагають знизити рівень активності протеаз або ДНКази. Однак вони не виключають цього повністю, проте деякі протеази не залежать від кофакторів магнію, тому бузини лізису іноді включають також хімічні речовини, які називаються інгібіторами протеази, які зв'язуються з протеазами і не дозволяють їм нормально функціонувати.
Лужний лізис
Лужний лізис, дуже поширена методика очищення плазмід від бактерій, передбачає три розчини. Перший містить глюкозу, трис-HCL буфер, EDTA та РНК. Глюкоза створює високу концентрацію розчинених речовин поза бактеріями, тому вони стають трохи в’ялими, що полегшує їх лізинг. EDTA і tris-HCL функціонують, як уже було описано, тоді як РНКаза пережовує будь-яку РНК всередині клітини, щоб вивести її з шляху. Другий розчин фактично лізує клітини. Цей містить миючий засіб SDS і NaOH, який підвищує рН до 12 і вище, денатуюючи білки всередині клітини і змушуючи ДНК поділятися на окремі ланцюги. Третій розчин містить ацетат калію для відновлення pH на більш нейтральному рівні, щоб нитки плазмідної ДНК могли знову зібратися. Тим часом денатуровані білки збиваються і осідають, тоді як іони додецил-сульфату поєднуються з іонами калію, утворюючи нерозчинні сполуки, які також опадають з розчину.