Зміст
Що стосується вимірювання довжини фрагментів ДНК, які значно менші, ніж клітини, мікробіологам потрібна хитрість, а найзручніший - гель-електрофорез. Цей метод спирається на те, що фрагменти ДНК заряджаються, і це альтернатива більш дорогим методам, таким як рентгенівська кристалографія, яка відповідала за виявлення подвійної спіралі структури ДНК.
Як працює електрофорез гелю
Оскільки молекули ДНК заряджаються, на них впливає електричний струм. Коли ви встановлюєте їх у нейтральний гель і розміщуєте струм по всьому гелю, молекули мігрують у бік позитивного електрода (анода). Оскільки молекули ДНК різного розміру несуть однаковий заряд, менші рухаються швидше, тому цей процес розділяє молекули на смуги, які можна порівняти зі зразками відомих розмірів.
Основна процедура електрофорезу
Гель зазвичай виготовляється з агарози, полісахариду, який при нагріванні в буферному розчині утворює напівтвердий, злегка пористий гель. З одного боку гель утворює крихітні відступи, які називаються лунками, куди дослідник розміщує досліджувані зразки ДНК разом із еталонними зразками відомої довжини, що називаються ДНК-драбиною. Довжина фрагментів сходів була попередньо визначена іншим методом, таким як рентгенівська кристалографія.
Коли гель занурюється в провідний розчин і подається напруга, фрагменти починають мігрувати через гель - менші спочатку і більші, повільніші ззаду. Зрештою вони формуються в спектроподібні смуги відповідно до розміру.
Як тільки це відбувається, дослідник вимикає живлення, вводить гель барвником, що зв'язує DVA, і досліджує зразки під ультрафіолетом. Використовуючи сходи як орієнтир, дослідник може визначити розмір кожного з фрагментів у видимій смузі. Видно лише смуги - окремих фрагментів ДНК занадто мало, щоб їх можна було побачити.
Визначення довжини невідомих фрагментів
Швидше за все, не кожна смуга зразка поєднується з смугою на сходах, тому для визначення розмірів цих невідомих фрагментів вчені зазвичай будують графік. На осі x - відстань, пройдена кожною смугою в драбині в міліметрах, а на осі y - розмір кожної смуги. Коли точки з'єднані кривою, розмір будь-якої смуги може бути екстраполірований від кривої після вимірювання відстані, пройденої цією смугою в міліметрах.