Зміст
Вестерн-блоттінг - одна з найпоширеніших процедур в біохімічних лабораторіях. В основному, він відокремлює білки від зразка за розміром, потім тестує з використанням антитіл, щоб визначити, чи є даний білок. Його корисно не тільки в наукових дослідженнях, але і в медичних або діагностичних лабораторіях; Наприклад, тести як на ВІЛ, так і на хворобу Лайма включають аналіз на імуноферментний аналіз (ELISA), після якого проводиться вестерн-блот, якщо тести на ІФА позитивні. Незважаючи на свою популярність, проте, вестерн-блоттінг має ряд недоліків.
Неякісний
Класичні вестерн-плями не якісні. Іншими словами, хоча вони можуть сказати дослідникам, чи є конкретний білок, вони не дають змоги кількісно визначити, яка частина білка присутня. Деякі біотехнологічні компанії зараз продають набори, які дозволяють дослідникам або лабораторам кількісно оцінити кількість присутнього білка за допомогою стандартної кривої - але це працює лише за наявності чистих проб одного білка. Більше того, молекулярну масу білка можна оцінити лише за допомогою вестерн-блоттингу, а не визначати точно так, як це стосується мас-спектрометрії.
Антитіла
Вестерн-блот можна проводити лише за наявності первинних антитіл проти білка, що цікавить. Хоча антитіла до багатьох різних білків доступні у біотехнологічних компаній, вони недешеві; якщо первинні антитіла недоступні для даного білка, не вдасться виконати вестерн-блот, шукаючи саме цей білок. Більше того, дослідники можуть захотіти визначити, чи був білок модифікований якимось чином - наприклад, якщо він був фосфорильований (на ньому була приєднана фосфатна група) - і за допомогою методики Вестерн-блот вони потребують антитіла, специфічні для модифікованого білка.
Навчання
Виконання західного блоту може бути складним і отримати хороші результати, тому персонал повинен бути добре навчений.І в цьому, і в багатьох інших, досвід є чи не найкращим вихователем; навіть для досвідченого фахівця, проте, західний плям забирає багато часу. Наприклад, частина експерименту з гелевим електрофорезом, як правило, займає від однієї до двох годин. Інші завдання можуть бути виконані під час запуску гелю, але експеримент все ж потребує досить тривалого часу, щоб отримати результати.
Інші обмеження
Антитіла іноді можуть виявляти деяке нецільове зв'язування, що може спричинити гірші результати. Більше того, при вестерн-блоттінгу ви використовуєте антитіло проти конкретного білка, тому ваші результати підкажуть вам лише, якщо цей білок був присутній. Масова спектрометрія високої роздільної здатності, навпаки, виявляє всі білки, наявні в зразку, і на відміну від класичного вестерн-блоттінгу, вона є кількісною. Важливо, звичайно, пам’ятати, що мас-спектрометрія є значно дорожчою, а також технічно складнішою у порівнянні із вестерн-блоттінгом.